当山は、天台宗総本山比叡山延暦寺の直末寺でございます。傳教大師最澄上人が東国地方を教化巡錫され上野（群馬）、下野（栃木）を教化せし折り桐生の里に一草庵を建立いたしたのが大藏院の開創であります。

大藏院と桐生天満宮との関係は、桐生豊綱のころ、佐野より清蔵院なる山伏（祈祷師）があり、祈祷をもってその名を知られていたので豊綱は彼を迎え上久方字館の山王に居住させて桐生家の祈願所としたのであります。その後、清僧となり下久方字谷の大中牢の林に一宇の寺を建立し、桐生家の為に祈祷僧としての役目を果たしたとあります。桐生城落城後に赤城の森に移りその後天満宮の別当寺となり、慶長11年（1606年）、清蔵院から大藏院と寺名を改め、更に正保4年（1647年）常祇の薬師堂も天満宮境内に移したという。

　時代は下がり明治維新の神佛分離以前は大藏院は現在の天満宮境内にありましたが明治政府の政令により現在地の桐生市東久方町に移転し、時の住職が天満宮の御神体（菅原道真公及び本地佛の十一面観音像）を持参し現在は当寺の観音堂（金比羅様）護摩堂に護持奉安しております。

　児童福祉活動として大藏院境内にて社会福祉法人大蔵会桐生北こども園を運営しております。